La gare TGV de Besançon sera équipée d'une chaufferie bois. Sa construction s'inscrit dans l'offre TGV Rhin-Rhône dont le lancement est annoncé en décembre 2011.

Près de 75% des consommations conventionnelles en énergie primaire seront issues de sources renouvelables ; la SNCF a pour la première fois choisi d'équiper la gare d'une chaufferie bois qui couvrira 90% des besoins durant la saison de chauffe.

Cette nouvelle gare fait l'objet d'une demande de certification HQE (Haute Qualité Environnementale).